Мировой рынок пробиотиков оценивается в миллиарды долларов в год. Пробиотики — живые микроорганизмы, которые при назначении в достаточном количестве оказывают положительное воздействие на здоровье: обеспечивают противоинфекционную защиту, иммуномодуляторное действие, улучшают барьерные функции, вызывают метаболические эффекты. Пробиотики применяются в основном в качестве профилактических средств и сопутствующей терапии.

Пребиотики (углеводы, являющиеся питательными веществами для отдельных видов ферментирующих микроорганизмов в кишечнике) могут оказывать бόльшее влияние на микрофлору, чем пробиотики. Пребиотики потребляются в основном анаэробами, что способствует росту их популяции. Широко применяемый пребиотик инулин, например, способствует увеличению популяции бифидобактерий. Учитывая потенциальную опасность, связанную с использованием живых микроорганизмов, перспективным шагом является замена живых микроорганизмов на отдельные компоненты микробных клеток и продукты обмена бактерий. Когда будут выявлены биоактивные молекулы, обеспечивающие действие эффективных пробиотиков, именно эти молекулы можно будет использовать в очищенном виде. К продуктам метаболизма, полученным из бактерий, входящих в состав пробиотиков, относятся короткоцепочечные жирные кислоты, пептидогликан клеточной стенки и ДНК.

Входящая в состав пробиотика культура не должна нести плазмид, содержащих гены, ответственные за антибиотикорезистентность, поскольку они могут быть переданы патогенным микробам организма пациента. Микроорганизмы должны быть устойчивы к действию кислоты и желчи, чтобы достичь предполагаемой зоны колонизации.